A Universidade Pedagógica de Maputo é uma pessoa colectiva de direito público, dotada de personalidade jurídica, gozando de autonomia estatutária e regulamentar, científica, pedagógica, administrativa, financeira, patrimonial e disciplinar. Deste modo e nos termos do estatuído no artigo 39 dos seus Estatutos sua gestão é exercida pelos seguintes órgãos: Conselho Universitário, Reitor, Conselho Académico e Conselho de Directores.